在全球氣候變遷、海水酸化及人類活動等影響下，棲地環境的破壞將導致生物多樣性滅失，科學界在近幾十年間開始設置生物保存庫，而生物遺傳資源的儲存為重要工作之一，以維護生物多樣性之延續。隨著生物技術發展，科學家開始能解析環境中的總基因體(Metagenomics)，此從海水或土壤等環境樣本中所提取的DNA生物資訊，稱為環境DNA(environmental DNA, eDNA)，僅需採集環境樣本之優點，使其成為生態調查的新興工具之一。現階段的環境DNA樣本儲存及分析數據，將可提供未來的研究機會。然而，目前學界在環境DNA研究仍相當有限，且多以陸域及微生物為主。
為持續蒐集我國海洋環境DNA資訊，以本院109年度「我國海洋生態調查監測網與監測規範建立之整體規劃」15類海洋生態系、54個測站為基礎，並配合本院111至114年度「馬祖海域受違法抽砂影響專案調查及監測計畫」及112至115年度「國家全海域基礎調查與海洋大數據建置計畫」等相關計畫之測站規劃，以環境DNA新興生態研究技術，偵測海洋生物資訊，瞭解棲息的海洋生物種類。另，本研究配合典藏及索引系統之建立，新增海洋生物序列資料，可提供國內外學術研究及產官學相關單位比對使用。
本研究所蒐集之海洋生物遺傳資料，可應用於我國海洋生態長期監測、特定物種(例如：外來種、目標保育生物及環境指標生物等)之族群分布及生物種數調查，並可應用於重大污染事件前後之對照，以提供我國海洋生物多樣性保育政策之建議，並透過比對資料充實，共築跨界研究交流合作橋樑，以提升我海洋研究量能，以達海洋永續發展之願景。

  (一)、海洋環境DNA樣本採集及基本環境因子量測：臺灣海峽及離島岸際監測網。
        (二)、海洋生物種類分析及生物多樣性指標建立：臺灣海峽。
        (三)、持續進行海洋生物序列資料蒐集。