在全球氣候變遷、海水酸化及人類活動等影響下，棲地環境的破壞將導致生物多樣性滅失，科學界在近幾十年間開始設置生物保存庫，而生物遺傳資源的儲存為重要工作之一，以維護生物多樣性之延續。隨著生物技術發展，科學家開始能解析環境中的總基因體(Metagenomics)，此從海水或土壤等環境樣本中所提取的DNA生物資訊，稱為環境DNA(environmental DNA, eDNA)，僅需採集環境樣本之優點，使其成為生態調查的新興工具之一。現階段的環境DNA樣本儲存及分析數據，將可提供未來的研究機會。然而，目前學界在環境DNA研究仍相當有限，且多以陸域及微生物為主。
為持續蒐集我國海洋環境DNA資訊，配合本院112年全海域基礎調查及海域環境水質檢測等相關計畫所規劃之監測網，本院將以此環境DNA新興生態研究技術，偵測海洋生物資訊，瞭解棲息的海洋生物種類。本研究所蒐集之海洋生物遺傳資料，可應用於我國海洋生態長期監測、特定物種(例如：外來種、目標保育生物及環境指標生物等)之族群分布及生物種數調查，並可應用於重大污染事件前後之對照，以提供我國海洋生物多樣性保育政策之建議，以達海洋永續發展之願景。另，本研究配合典藏及索引系統之建立，可提供國內外學術研究及產官學相關單位使用，共築跨界研究交流合作橋樑，以提升我海洋研究量能。
 

(一)海洋環境DNA樣本採集及資訊蒐集。
       (二)海洋生物種類分析及生物多樣性指標建立。
       (三)海洋生物序列資料蒐集。