為瞭解我國海洋環境變遷所導致的海洋生態系統變化，建立完整的海域生態系之背景基線資料及深化海洋基礎科學研究，是當前海洋永續發展之重要課題。海洋基礎生態調查研究，特別是需要利用船隻進行海上調查作業的研究項目，所需調查作業成本較高，亦需視海況及船舶船期安排才能進行實海調查研究，相對提高調查作業之困難度。國家海洋研究院於110年分別與行政院農業委員會水產試驗所（以下稱水試所）及國立中山大學海洋科學院（以下稱中山大學）簽署學術合作備忘錄(MOU)，加強雙方海洋科學研究之合作。本計畫規劃本院研究人員使用(或配合)行政院農業委員會水產試驗所及國立中山大學所屬研究船（水試所：水試一號、水試二號；中山大學：新海研三號）之船期，參與研究船的海上調查作業及採樣。研究人員隨船採集臺灣西部海域及其周邊大陸棚生態系至少2個地理區域1季次之大型底棲生物樣本（以魚類、甲殼類、頭足類及螺貝類為主要研究對象）與水樣，以及蒐集水文水質及底質等環境資料，用以逐步建置我國周邊大陸棚生態系之基礎生態基線資料，作為長期生態監測站及環境變遷影響評估之用。

(一) 採集調查作業海域之大型底棲動物樣本，進行種類鑑定與群聚資料分析，以及海域環境資
              料之建置與分析。
       (二) 使用水下探測及攝影儀器，獲取水下生物、地形及地物之照片或資料。