本計畫擬針對澎湖地區(隘門、觀音亭、青螺濕地及山水)進行岸際生物資源調查，包含魚類、無脊椎動物(刺絲胞動物門、軟體動物門、節肢動物門及棘皮動物門)、大型藻類，並紀錄有毒生物與特殊生物，藉以掌握澎湖潮間帶及亞潮帶棲息的海洋生物種類資訊。

1.依據本院「我國海洋生態調查監測網與監測規範建立整體規劃」報告書之生態系調查方法進行調查。
2.調查4 季潮間帶及亞潮帶(視棲地類型調整)生物相，包含魚類、無脊椎動物(刺絲胞動物門、軟體動物門、節肢動物門及棘皮動物門)及大型藻類，並含括有毒生物與特殊生物。
3.蒐集各類群之常見種海洋生物標本各30 個體，包含魚類、無脊椎動物(不含珊瑚)及大型藻類，並標示採集地點、日期、科名、學名、中文名、調查深度、採集者、鑑定者等資訊。
4.進行量測各樣區水下環境指數，包含潮間帶(pH、導電度、水溫、鹽度、溶氧、濁度、深度)及亞潮帶(pH、導電度、水溫、鹽度、溶氧、濁度、流量或流速、調查深度)。
5.分析各區之種豐度(Richness) 、歧異度(Diversity) 、相似度係數(Similarity)、歸群分析(Cluster analysis)及空間排序分析(Ordination)、覆蓋率之數值，並視生物類群選擇合適之項目，如：大型藻類僅能分析覆蓋率。