本院置院長1人、副院長2人、主任秘書1人，組設5個1級研究單位(分別為：綜合規劃及人力培訓中心，海洋政策及文化研究中心，海洋科學及資訊研究中心，海洋生態及保育研究中心，海洋產業及工程研究中心)、3個行政輔助單位(分別為：秘書室，人事室，主計室)。