Page 108 - Marine Research

一、前 言

，
2006 年暑假赴中研院就職 沒有考慮繼續先前國外的研究題目 衷心盼望能以在地
，
問題為起點，開始新的研究旅程。陳昭倫老師外型總是令人印象深刻的珊瑚專家剛好
出現在我尋覓研究題目的時刻，熱情的他劈劈啪啪地介紹珊瑚和共生藻的故事，他一
，
再強調「珊瑚細菌」是個值得研究的方向 雖然已經研究微生物十幾年，「珊瑚細菌」這名
詞還是第一次聽到。沒有花太多時間考慮，或許本對海洋的鍾愛，就決定以珊瑚礁為
研究重心，以珊瑚細菌為研究主題，當時決定研究珊瑚細菌之際，在整個東亞沒有這

樣的研究室，換言之，這是個冷的不能再冷的研究主題。

珊瑚細菌，顧名思義就是住在珊瑚上的細菌。在分子技術方法發明前，這些細菌

的生態角色不清楚也不受重視，相關的研究報告主要都著重在珊瑚疾病調查，尋找可
能造成珊瑚疾病的病原菌等。在 2001 年，Rohwer et al.(2001)利用非依賴培養的分子

技術，發表一篇有關珊瑚細菌調查的報告，開啟了珊瑚細菌研究。所謂不依賴培養分
子技術(culture-independent molecular approach)是指不利用培養細菌來調查細菌的組成，
最普遍的技術是利用聚合酶連鎖反應(polymerase chain reaction)擴增 16S 核糖體核的

核糖核酸基因(16S rRNA gene)序列，利用該基因序列的密碼來比對序列資料庫 ，鑑別

細菌的種類。由於所有細菌都有這個基因，加上基因序列的異同關係和細菌分類也相
當一致，因此成為調查細菌組成最常用的方法。

那珊瑚細菌的生態角色是什麼呢？目前仍缺乏直接科學證據 但是科學家們普遍
，
有共識——珊瑚細菌在珊瑚疾病、健康和養分供應方面應扮演著重要角色。有關珊瑚

疾病和細菌的關係研究比較普遍，不可否認這方面的研究目標清楚，容易撰寫計畫書
和申請經費，然而台灣珊瑚疾病盛行率很低，珊瑚受到的威脅主要是來自人類的活動
影響和衍生的環境變遷問題，因此我將研究重心放在非常少人研究的方面：珊瑚健康
相關細菌。簡單說，是希望能找到可以幫忙珊瑚的有益菌，了解它們的生態學和微生

物學，將來可用於珊瑚培養和復育。

事 台灣珊瑚 細菌紀 很快地我就發現這個決定不是個好決定。前人的調查發現珊瑚細菌群聚非常多樣，
可能超過 6000 種以上，而且不同珊瑚種類有不同種的細菌(Rohwer et al., 2002)，所以
想要在這麼高多樣性的細菌群聚中找到對珊瑚健康有益的細菌，顯然並非易事。於是
我決定先調查台灣珊瑚細菌組成和變化，期望先找到一些長駐菌，在長駐菌中再尋找

珊瑚益生菌。利用當時最先進 454 Life Sciences 解序技術，和獨立建立的二步驟標示
技術，為期一年，每月在綠島採集離枝軸孔珊瑚 (Isopora palifera)，調查其共棲細菌，
結果發現珊瑚細菌群聚果然不僅多樣，在不同時間也不斷地變動，因此每個月都會出
現不同主要菌群，因此僅是調查組成，很難知道哪群菌可能對珊瑚有利(Chen et al.,

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