深層海水因其富含營養鹽與礦物質的特性，已應用於具保健機能之微生物發酵生產，有利於多功效保健食品之開發；且藉由深層海水提升發酵效率，降低發酵成本，將大幅提升產品價值與其保健機能。過去研究中，已有利用深層海水於紅麴菌、牛樟芝、蛹蟲草、大蟬花與乳酸菌等機能微生物的生產。基於前人文獻研究基礎，深層海水應用於微生物發酵生產具有高度潛力，但目前相關微生物應用的文獻與資料庫尚未完整。本計畫將擴大發展深層海水在機能性微生物應用範圍，並利用蛋白質體代謝分析，提供生物技術產業在應用深層海水時，更能了解其發酵生產效益與基礎學理。匯集完整的資料庫可提供產業在發展深層海水之食品微生物應用時能方便快速運用。

本案計畫主要內容為探討國內之深層海水濃縮液對於各類機能性微生物菌種生長之影響，並建立其技術產業上之應用資料庫。透過本案計畫，挑選出因深層海水而有顯著提升菌體生長與發酵效益之菌種，繼而進行蛋白質體學代謝研究，以深入瞭解其作用機轉。資料庫預期可使產業界更快速且有效的應用深層海水於食品微生物之發酵。