我國雖四面環海具豐富海洋生態與生物資源，但近年來海洋生態卻呈現資源枯竭、棲息地破壞、污染、氣候變遷及外來種入侵等問題，造成海洋生態及生物多樣性損失。過去政府部門雖曾針對海洋生態及生物資源進行過相關研究調查與監測計畫，但因調查與監測方法各異、資料格式無統一規範、資料未能公開利用等，降低資料被使用及研究的效益；而減少長期性與多元時空分布之研究，也造成可能需重複投入研究經費等資源浪費。
　　因此，本規劃目標為建立適用於不同海洋生態環境之生態調查與監測之規範，以便持續進行長期生態資料累積、資料分享、公眾利用，並提供未來不同時間及空間(地點)之比較分析與研究，可為國家建立長期生態監測系統及整合性生態資料庫內容，做為未來學術研究與海洋相關政策及施行管理的重要參考。
 

1. (一)海洋生態調查及監測環境應包含岩礁、藻礁、珊瑚礁、沙岸、礫石、河口泥灘、紅樹林、海草床之潮間帶及潮下帶；大陸棚、大洋及深海中層與底層等
2. (二)監測生物類群應包含哺乳類、鳥類、魚類、爬蟲類、甲殼動物、軟體動物、刺絲胞動物(珊瑚、海葵、水母等)、其他底棲無脊椎動物、藻類、浮游動物、浮游植物、細菌等
3. (三)各種海洋生態或生物類群適用之調查方法、頻度、記錄資料內容、分析方法、結果及呈現方式，一般性調查監測及特殊事件處理建議流程；資料庫建立及維護、原始資料提供之格式內容研擬
4. (四)彙整海洋生態調查監測相關法規及法源依據
5. (五)提供海洋生態長期調查與監測點建議